MESTRE DOS MARES começa em 18 de abril de 1800 em Port Mahón, Minorca, quando era uma base da Marinha Real Britânica. Jack Aubrey é um tenente em porto sem navio, Stephen Maturin é um doutor e filósofo naturalista. Estes dois personagens principais são dois estranhos a princípio e são unidos pelo gosto pela música. Aubrey toca violino e Maturin violoncelo.
A história introduz estes dois personagens e dá a Jack seu primeiro comando (uma promoção para Comandante) em uma pequena chalupa, HMS Sophie. Stephen aceita a posição de cirurgião da Sophie. Nós também conhecemos Pullings, Mowett, Lamb e Babbington, que tornam-se figuras permanentes na série, e James Dillon, imediato da Sophie, que tem um passado secreto na República da Irlanda, assim como Stephen.

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